筆界特定がされた場合には、境界標の埋設や、塀などの越境物の撤去は可能ですか？

いいえ。筆界特定された場合であっても、境界標の埋設や、塀などの越境物の撤去については、関係当事者で合意する必要があります。

もし、境界標の埋設や塀などの越境物の撤去も含めた境界問題全般を解決する手続きをするとすれば、裁判手続や裁判外紛争解決手続（ADR）となります。