不動産の全部事項証明書に登記されている「所有者」と「債務者」が異なります。何かの間違いでしょうか？

「所有者」と「債務者」が異なることは、少なくありません。例えば、会社の代表者が、自ら経営する法人の名義で金融機関から借金する、などの場合には、代表者個人の不動産を担保として差し出すことが多いので、所有者は代表者個人ですが、債務者は法人となることがあります。