「不動産取得税」は、売買契約をした金額をもとに計算するのですか？

いいえ。不動産取得税は、原則として、 「課税標準」×「税率」で求めます。

一般的な取引の際は、「課税標準」は、売買価格ではなく、売買対象の不動産を管轄している各市区町村で管理している「固定資産課税台帳」の価格です。