不動産投資した賃貸物件で、こちらが家賃保証会社を選ぶことができるのでしょうか？

はい、できます。ただし通常の場合、投資物件の不動産管理会社か借主を仲介してくれた不動産会社が、家賃保証を委託する家賃保証会社を決めています。