「第三者の為にする契約」での不動産登記をした場合、中間の第一買主は、税金の負担はないですか？

いいえ、税金の負担が全く無くなるわけではありません。

通常の場合、中間の第一買主は、登録免許税／不動産取得税は負担していませんが、最終買主との取引で発生した建物に関する消費税、及び取引全体の譲渡益に関する一般的な税金負担はしなければならないことになります。

契約書に添付する義務がある、印紙に関する税金負担もあります。